Sono organi di Fondazione Intesa Sanpaolo ente filantropico:
- il Consiglio di Amministrazione;
- il Presidente e il Vice Presidente;
- l'Organo di controllo
Il Consiglio di Amministrazione, cui competono tutti i poteri di ordinaria e straordinaria amministrazione è composto da 10 membri, 5 dei quali sono indicati dalle Organizzazioni Sindacali dei lavoratori di Intesa Sanpaolo.